Un método para desinfectar suelos u otros sustratos de cultivo agrícola, caracterizado porque comprende: obtener un suelo u otro sustrato de cultivo agrícola a su capacidad de campo; tratar el suelo o sustrato a capacidad de campo de la etapa anterior con agua ozonizada, donde el agua ozonizada se prepara in situ con un equipo de producción de ozono conectado al suministro de agua; dejar transcurrir un tiempo desde el tratamiento con ozono; e inocular el suelo o sustrato agrícola desinfectado con al menos una especie de microorganismo beneficioso.